1997年底，原拟再为亚视拍《僵尸道长Ⅲ》，但当时被告知已患上肝癌，使拍摄终止，并成为他的遗愿。因拍片过于劳累，且因林正英平日喜爱小酌二杯，此双重因素影响下，引致肝癌。而他一生没拍过爱情文艺片，亦成为他最遗憾的事。他所参与的最后一部是与徐锦江、刘松仁共同拍摄的一枝花和尚(新水浒传)，在剧中他饰演威风凛凛的白英奇元帅。
1997年11月08日，林正英在圣德勒撒与世长辞，终年45岁。
女朋友苑琼丹当时亦陪伴在旁。林正英的大殡仪式于早上在庄严的宝福纪念馆举行。当蔗棺醉灵的刹那，林正英的小儿子扑前抱棺哭叫，声声哭叫：“爸爸不要走呀！”。此情此景无不令人心酸。
许多圈中人相继到达，包括罗家英、曾志伟、苑琼丹、孟海、午马、钱嘉乐、钱小豪等等。他的红粉知己苑琼丹双眼红肿，一直强忍泪水，当诵经告别仪式开始之时，她也穿上黑袍为好友诵经送别，念到伤心之处，也禁不住低声饮泣。当瞻仰遗容及灵棺之后，苑琼丹随即上前向林正英的遗像鞠躬道别，并未跟随前往火葬场。
若是从灵异方面来说，忘了是英叔的哪个鬼片了，说是拍的时候出了灵异事件，死了一个人，然后拍这个的演员都相续去世，都没有活过五十岁。【纯属听说真假难料】
你见过灵异的事吗？
我说说吧，我很小的时候，有一次睡觉（我和妈妈睡）半夜醒来，发现有一个黑影站在我床头，我很害怕，就哭了，妈妈把我抱到外面（我睡里侧），那黑影竟然趴在了我妈妈身上！！第二天妈妈的腰青了一大片！后来就没有发生类似的事，直到我15岁，读初中，爸妈都不在家，哥哥在县里读高中，所以我一个人睡。那天晚上我半夜醒来，感觉身上压了一床棉被似地难受（那时是夏天），这还可以解释为梦魇，可后来我还感觉到床上还有一个人，她（不知道为什么，我就是感觉到是个女的）还和我抢被子！！！！！不久的一个晚上，我热得难受，就去后房睡（我家后房因为厨房挡住了阳光，所以一直阳光照不进去，很阴凉），后房正对床尾有一面大镜子。还是半夜，我又醒来了，透过月光，我在镜子里看到我床头站着一个“人”，我当时并不怎么害怕，似乎“她”并没有恶意，我转过头去，却什么也没有。那是我不知道怎么想的，竟然对着那个方向笑了笑！然后又睡了，睡了一会，我突然回过味来，吓了一身冷汗，赶忙逃了出来。以后也没有什么了，就是经常在一个人睡的时候听见两个人的呼吸声。忘了说了，我家后面就是一片坟地，上面葬着十几个人，有我爷爷，大伯，大娘，外婆，和我邻村的人最近的墓离我家不过5米。