乡镇政府纪检员的主要职责有：一.维护党章和党内法规，监督检查党支部和党员干部，重点是乡镇村“两委”班子对党的路线、方针、政策和决议、决定以及上级党委、政府的决定和工作部署的贯彻实情况。
二.协助乡镇村党支部抓好基层党风廉政建设，对乡镇村“两委”班子履行职责和遵纪守法情况，以及党务公开、乡镇村务公开、财务公开、一事一议、支农惠农政策和党在新农村的各项改革措施的落实情况进行监督检查。
三.认真执行贯彻执行党风廉政建设的各项规定和相关制度，建立健全反腐倡廉工作制度、工作计划和实施方案。
四.组织党员干部开展党性、党风、党纪教育，促进党员干部自觉遵守党的纪律和廉洁自律各项规定。
五.积极协助党支部开展廉政文化进农村（社区）、进家庭活动。
六.对乡镇村党员干部，特别是“两委”班子成员行使监督权、建议权和批评权。
七.听取和受理党员、群众的申诉、控告和检举，及时处理信访问题，排查化解矛盾，维护基层政权稳定。
八.协助上级纪委做好违纪违法党员干部的调查处理工作。