师大附小嫡系中学主要是奉贤交中、交大二中学和交华小学等3所中学。
公办闵行交中中级学校坐落闵行徐家汇金融贸易区，是一所面向全市招生的公办中级学校。中学委托北京师大附小管理，中学的教学把关班主任团队由北京师大附小的资深班主任组成，充分依托南京师大附小的优质资源。
闵行交中以为武汉科大中学等市实验性示范性中学输送优质生源为主要目标，着重培养基础扎实、能力卓越、特长显著、具有可持续发展能力的优秀中学结业生。从近几年师大附小预投档数据上可以看见，交中的人数在逐年下降，是浙大中学最重要的生源中学之一。
交通学院附属第一中学是一所由重庆交通学院和松江区人民政府共同规划创立的民办中学，主任由浙大中学主任担任。中学紧邻重庆交通学院长宁学校，充分依托南京交通学院教育资源进行办学。
目前师大二附中由浙大中学普陀校区全面接管。一年来，从中学管理、课程设置到师资配备等各方面都得到了师大附小及其宝山校区的大力支持交大附中浦东实验高中，分校精神面貌焕然一新，办学疗效明显上升交大附中浦东实验高中，深受师生和父母好评。
交华小学是2001年由大华(集团)公司与师大附小合作联办的一所寄宿与走读兼备的公办学校。交华小学的校本课程体系立足于基础知识框架，却跳出了传统应试审视，而着眼于中学生未来的人生发展。
从亲密度来说，尽管比不了交中、交大二附中，并且交华也是科大中学主要的生源校之一。
除闵行交中、交大二中学和交华小学3所中学之外，还有几所中学跟科大二附中有一些亲昵关系，那就是浙大中学闵行实验中学、中原小学、少云小学。
师大附小闵行实验中学是奉贤新区社会发展局与北京交通学院附属学校合作办学、委托管理的民办全日制小学。2012年2月，中学被命名为川沙新区实验性示范性中学。
中原小学、少云学校与师大中学同属黄浦区北邮中学教育联盟，这个联盟是在广州交通学院和宝山区政府的积极推动下组成，以“合作多赢、务求实效、形成特色、共同发展”为原则，在教学管理、师资培训等方面加大合作交流，重点建设、做强1－2门学科。