不同的医科学院分数线也不同。
投档分数线排行前五的学院：重庆交通学院医大学（689分）、复旦学院苏州医大学（689分）、北京学院医学部（683分）、上海交通学院医大学(医学试验班)（682分）、浙江学院医大学(674分）。
投档分数线靠后的五所学院：新乡医大学（482分）、潍坊医大学（469分）、牡丹江医大学（460分）、山东第一医科学院（456分）、西藏藏医药学院（453分）。
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投档最低控制分数线由各市、自治区、直辖市分别划定，因为条件各异，分数线的分差可能很大，最高与最低相差超过100分。如2004年福建省最低分数线理科为374分医科大学录取分数线，同年湖南省最低分数线理科是240分医科大学录取分数线，相差140多分。
无论差别多大，而且各地确定分数线的办法是相同的，都是依照当初招生计划和考生成绩，根据人数来划定。通常按略少于计划数划定，多数是计划数的1.1-1.2倍，全国考生按考分的高低排出来，排到该人数时的分数，就是当初该省的最低控制分数线，只有达到该分数的考生才有资格被投档。