历史中并无此记载，孔融最终被杀害的原因是因为他的不孝顺，传说曹操有一次听手下的人谈起孔融时，听手下的人说，孔融在谈到孝道和人伦的时候，认为父子母子之情都是虚无缥缈的东西，都是存在一些利益关系的，于是加上之前的矛盾，曹操一怒之下便将孔融杀了。
孔融之死历史记载《后汉书卷七十：郑孔荀列传第六十》：
曹操既积嫌忌，而郗虑复构成其罪，遂令丞相军谋祭酒路粹枉状奏融曰：“少府孔融，昔在北海，见王室不静，而招合徒众，欲规不轨，云我大圣之后，而见灭于宋，有天下者，何必卯金刀 。及与孙权使语，谤讪朝廷。又融为九列，不遵朝仪，秃巾微行，唐突官掖。又前与白衣祢衡跌荡放言，云“父之于子，当有何亲?论其本意，实为情欲发耳。
子之于母，亦复奚为?劈如客物缶中，出则离矣。既而与衡更相赞扬。衡谓融曰：“仲尼不死。“融答日：“颜回复生。“大逆不道，宜极重诛。书奏，下狱弃市。时年五十六。妻子皆被诛。
译文如下：
曹操既积满了一肚子的猜疑忌妒，郗虑又诬陷其罪，于是指使丞相军谋祭酒路粹冤枉上状奏孔融说：“少府孔融，从前在北海，看见王室不安宁，招集徒众，图谋不轨，说：‘我大圣之后， 被宋所灭。有天下的，何必一定是卯金刀。’后来与孙权的使者说话，诽谤朝廷。又孔融位在九卿，不遵守朝廷的礼仪，不戴帻微行，唐突宫掖。又以前与没有出仕的祢衡无所检点地乱说什么“父亲与儿子，有什么亲?论其本意，实为情欲而已。
儿子与母亲，又是怎么回事呢?譬如寄物缶瓦中，出来就分离了’。不久，与祢衡更相标榜，祢衡说孔融是“仲尼不死’。孔融回答说：颜回再生。’大逆不道，应当予以重诛。”书奏，判处弃市。时年五十六。妻子儿女都被诛。先，女儿年七岁，男年九岁，因都幼弱，得保全。寄在人家。二子下棋，孔融被捕，不为之动。左右的人说：“父亲被逮捕，不起，为什么?”答说“：哪里有巢毁坏了卵不破的呢?”主人有遗肉汁的，男孩口渴喝了。
女孩说：“今天这样的祸， 难道能够久活，还要知道肉味吗?”哥号哭而止饮。有人对曹操说了，于是决定都杀掉。等到捉拿的人到，女的对哥哥说“：如果死者有知，得见父母，难道不是我们最大的愿望!”于是引颈就刑，颜色不变，没有人不为之悲伤的。以前，京兆人脂习、元升，与孔融相好，曾戒孔融刚直。及被害，许昌没有敢收尸的，脂习去抚尸说：“文举丢下我死了 ，我也不再活了。”曹操听说大怒，准备收捕脂习杀害，后得赦，释放出来。
