6辆编组每日运营至凌晨
按照行车组织安排，广佛肇城际城轨列车运营时间为每天6：00～24：00，预计客流高峰出现在每天的16：00～17：00。初期2016年全日开行列车77对，近期2023年全日开行列车97对，远期2038年全日开行列车140对。这意味着，即便是在初期，广佛肇城轨的发车间隔也能达到平均15分钟一班。据省铁投集团介绍，广佛肇城轨车辆类型将采用城际动车组A型车，为6辆编组，列车长度约142米。
同时，广佛肇城轨建成后，为满足不同类型客流需求，将参考广深线的两种模式营运——“大站停”和“站站停”模式，其中“大站停”模式运行时速为200公里，“站站停”模式为140公里。
广佛肇城际轨道如何引入广州火车站
广佛肇城轨引入广州火车站是通过在佛山西站经贵广、南广铁路接入广州南站。
具体的规划及轨道建设内容如下：
根据《广州站地区交通转型升级方案研究》招标公告：根据广州站未来要向城市轨道枢纽站转型的要求，特开展本研究工作，制订广州站地区的转型升级方案。方案要按中等人流量的规模，结合该地区的仓储用地改造，以实现人车分流为原则，规划连通省、市汽车站的便民连廊，提高该地区的交通接驳功能和安全性。项目工作及研究范围北至梓园岗路，南至市客运站，西至省客运站，东至解放路，面积约109公顷。
截至2013年10月24日，确定会接入广州火车站的城际轨道只有广清城际和广佛肇城际两条。广佛肇城际轨道项目广州段已确定利用南广(贵广)铁路通道进入广州火车站(流花地区)的线路方案。
广佛肇城轨肇庆站旁边的铺轨基地已经准备就绪，具备了存轨条件。铺轨基地长500米，配置了数十个龙门吊，轨道将先运到铺轨基地存储，预计6月开始全线铺轨。根据计划，广佛肇城轨肇庆段2015年7月底完成铺轨工程，6月30日完成所有车站雨棚的建设，7月15日所有设备房达到使用条件，9月开始联调联试。
广佛肇城轨线路起点为佛山西站，向西在肇庆境内经肇庆高新区、四会大沙、鼎湖的莲花、桂城、坑口至端州城区，终点在肇庆火车站旁，线路全长79.717公里，设计时速为200公里。根据计划，广佛肇城轨在佛山西站通过贵广、南广铁路接入广州南站。
广佛肇城轨全线设10个车站，分别为狮山站、狮山工业园站、三水站、云东海站、大旺站、大沙站、肇庆东站、鼎湖站、大冲站、肇庆站。除肇庆站为地面站外，其他各站均为高架站。
好像是在三眼桥站以后通过改扩建的广三铁路通道进入广州火车站
