公认的说法是两枚。
广岛的第一颗是小男孩，没争议。长崎的是第二枚胖子，没争议。其中小仓曾是第二枚的首选目标，因为小仓上空的云层厚，高射炮火猛烈，还有可能有战斗机，所以驾驶员临时选择了长崎。
我估计你想知道的是一个传闻，就是美国实际同时在长崎投掷两枚原子弹，其中一枚没爆炸，被日本送给了苏联。目前这个传闻只见于网络，没有官方证实，所以不能当作正史。
我个人认为这一传闻不真实，因为对于美国的杀手锏武器，一枚一枚的投掷，远远比一次性使用可以带来更大的心理与战略价值，更加有利于美国逼迫日本投降，而且风险更低。这样的大杀器不可能仓促的一次性派两驾轰炸机出发。而且对于一个城市投掷两枚实际是浪费的，效果与一枚没变化，正常的逻辑做这样的事无意义，一个国家不可能这样使用武器。