巨牛总结:搞有机必须学会的合成检索方法 本文关键词:合成,有机,学会,检索,方法
巨牛总结:搞有机必须学会的合成检索方法 本文简介:检索方法:学化学的人,如果刚进实验室的话,往往是两眼黑,不知道如何下手,要下手往往是漫天刷浆,抓不住重点!那么如何能抓住重点,进行有目的的去读一些论文呢?首先用google来看看你的研究方向,比如你研究某系列的天然物合成,那么你就用这个名字去search,然后先看看有没有中文的介绍,如果有的话,那么
巨牛总结:搞有机必须学会的合成检索方法 本文内容:
检索方法:
学化学的人,如果刚进实验室的话,往往是两眼黑,不知道如何下手,要下手往往是漫天刷浆,抓不住重点!那么如何能抓住重点,进行有目的的去读一些论文呢?
首先用google来看看你的研究方向,比如你研究某系列的天然物合成,那么你就用这个名字去search,然后先看看有没有中文的介绍,如果有的话,那么先看看它是不是review,最好的是找到中文的review,然后大体看以下,了解你要做的东西当前的进展,有什么人在做,结果如何啊。
然后按图索骥,找到英文的文献,那么可能有很多英文的文献,如何去选呢?选择发表在影响因子高的期刊上的文章来读!!!这个很重要!,因为大牛的教授都是把自己的好结果发在高水平的论文上的。只要你找一篇比如是JOC上的文章,那么就要看好,里面是否引用了某些review,如果有的话,那么你就去找那个review,一般来说国外的高水平的review都是约稿的,请的是当前的牛教授来写的,有读的价值!依次你可以进行全面的了解相关的研究进展了。
如何对待中文的杂志呢?我的意见可能偏激,我认为完全没有任何读的价值!为什么呢?第一,20%的杂志覆盖了80%的内容,第二,IF太低,低于1的就是垃圾了,没有引起任何人的重视,那么这个结果是没有价值的。第三,很多中文文献的重复性很差,数据被人为的修改。
那么对待英文呢?同样,低水平的也是很多,对于IF低于1的不要去看,就是看了也不要太当真,原因同中文文献一样,对于化学来说也就是不超过20个有意义的杂志吧,美国化学社的全部,德国的wiley上有几个很好的,sciencedirect上的几个影响因子在2以上的,英国化学社的全部,也就是这些了外加thieme的一个。
完整的检索分为两部分:①寻找相关的文献出处;②找到收录文献的数据库,或者使用相关软件,进行全文下载阅读。第①步是重要的,第②步是次要的。
可以利用的三大检索工具:Beilstein的CrossFire;ISI的Web
of
Science;CA
on
CD。最常用的是Scifinder和Beilstein,最强大的可能是scifinder。通常用Scifinder来查化合物的具体的合成路线的设计。用Beilstein查查化合物的理化性质和具体的图谱数据。但是有时候专利里面也有很多有用的文献不仅仅是那些大型知名数据库
二、大型检索网站:
1、SciFinder
Scholar
简单介绍:
SciFinder
Scholar是美国化学学会(ACS)旗下的化学文摘服务社CAS(Chemical
Abstract
Service)所出版的化学资料电子数据库学术版。其中的CAPLUS是CA的网络版,它是全世界最大、最全面的化学和科学信息数据库。作为化学和生命科学研究领域中不可或缺的参考和研究工具的“化学文摘”的网络版,SciFinder
在线数据库每天更新数千条记录,更整合了Medline医学数据库、欧洲和美国等50家专利机构的全文专利资料、它可以透过网络直接查看“化学文摘”1907年以来的所有期刊文献和专利摘要;以及四千多万的化学物质记录和CAS注册号。可访问的蛋白质和核酸信息远多于任何可公开获得的资源。它涵盖的学科包括应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。到目前为止,SciFinder已收文献量占全世界化工化学总文献量的98%。另外,它还有分子式、反应式和结构式(包括亚结构)检索、核酸和蛋白质序列检索等多种功能。它超越了一般检索工具的范畴,而成为研发人员不可或缺的研发工具。SciFinder
Scholar可检索数据库包括:
①
CAPLUSSM(>2150万条参考书目记录,每天更新3000条以上,始自1907年)
②CAS
REGISTRYSM(>2000万条物质记录,每天更新约4000条,每种化学物质有唯一对应的CAS注册号,始自1957年)
③CASREACT?(>570万条反应记录,每周更新约600-1300条,始自1974年)
④CHEMCATS?(>390万条商业化学物质记录,来自655家供应商的766种目录)
⑤
CHMLIST?(>22.7万种化合物的详细清单,来自13个国家和国际性组织)
⑥
MEDLINE(National
Library
of
Medicine数据库,>1200万参考书目记录,来自3900多种期刊,始自1958年)
安装注意事项:
①、安装前退出所有程序,网页浏览器除外。
②、当安装过程中被问及是否有标有“Custom
Site
Files”的盘时,请选择“否”,如下图。其他选项请选择默认设置。
③、安装的最后一步,会被询问是否要进行连接测试(Perform
connectivity
test),请不要选择测试,直接点击“Finishi”即可。
应用技巧:
①SciFinder的一个小技巧,可能一开始我们使用SciFinder自带的结构式绘制工具,并不习惯。如果本来已经有用Chemdraw画好的结构式,把它另存为mol格式,然后在SciFinder的检索界面,点击File-Open,打开它,即可把它调入SciFinder进行检索。
②、在SCIFINDER上,很多反应直接检索反应式可能查不到,可以考虑将产品输入后,挑选匹配度较大的化合物,进行结构检索,会有意想不到的结果哦。另外,用PDF打印机将文章打印下来,再慢慢学习。里面的登陆号检索也是很有用的。可以查一般中间体的性质。
③一般来说sicfinder我们常用的是structure
search,可以进行单个化合物的search,也可以进行化学方程式search,可以进行分子式的search,还有CAS
number的search,和关键词search。
a.structure
search,主要问题是很多朋友把自己的最终想合成的结构画出来了,不管它有多么复杂。其实这个是错误的,你想你合成的东西几乎都是新的物质,scifinder那里能收录啊,只要没有人发表就没有收录。所以为了更准确的找到你想要的相关的合成文献,建议你自己先减肥,把不必要的一些结构给去掉,简化。例如下面的例子
这个化合物是没有的,但大家发现了没有这个化合物完全可以去掉左边酰氨化那部分和下面的脂化部分,剩下这个结构,这个在scifinder中是有合成方法的,其他的化合物也以此类推。
而对反应也是一样的,如果你想查反应,例如:cross-coupling
中的thiol
react
with
alkyl
halides,那么你就把你想要的最简单的thiol和alkyl
halides以及相对应的结构化出来,当然结构中要包括你的物质的主要骨架。
一般我们不建议进行分子式search,麻烦,大家要给你逐个去找。还有一点,建议你用chemdraw画图.
b.关键词的search,这个你要根据你想要的结果来提出最佳关键词,例如你想知道thiophene
的合成方法,那么最好的关键词就要包含thiophene这个关键词。这个要是大家给出来很多,相信用过scifinder的人还是知道如何给你查的。
c.其他的例如人名,单位的查询,文件号码的查询,杂志查询对其他人来说没有很大的价值。
d.查询结果的处理。查询结果一般来说都可以reference的形式出现,这里就有个问题了,有时候可能出现几百个结果,而一般的scifinder只能允许你下载100个结果的纪录。就要筛选,可以进行年段的选择,例如:1990-
(从1990年到现在):1990-2000(从1990到2000),所以如果你的方向很热,建议你对你的结果进行年代选择,否则大家就给你保存了最近100个结果。另外就是scifinder中收录了1500个左右的杂志,很多是影响因子很查的,用英语以外的其他语言写的,专利等等。一般来说好的文章都是用英语写的,其他的语言很难有你需要的文章,其实作者也想用英语写,可能个方面原因没有写成,所以建议你写下要求语言,中文,英文,日语等等。另外就是专利,专利可以说质量差异很大,尽管是什么美国专利局的啊,也有查的专利,所以要不要专利也是个主要的选择。而后就是reference的类型,有review,有journal,有book,有会议发表的,等等,一般也就是前两个review和journal能找到全文,所以建议大家就要review和journal,就足够了,那么有人说专利呢?当然可以要,但我告诉你scifinder还有专门面对企业的,用户界面类似,但内容有差别的。所以根据你自己的情况来决定。最后就是能否得到全文的问题,scifinder的大部分能正确的找到文章的连接(只要网上有全文的),所以如果你想自己找文章的话,还是建议你选择fulltext
available,然后保存结果,就更好点。
e、另外结构中不要加入像——R,这样的基团,那样范围太大了,几乎给你找不到很有用的结果,所以建议你能把一些基团给的具体一点,如果你非要加也要注明,R属于那一类,例如:any
metal,any
halogen,any
alkyl
chain
etc.
SciFinder的版本
现在使用的通常是SciFinder
Scholor,是面对大学或研究机构的,与之对应还有SciFinder,是面对企业用户的,基本是各大制药巨头。二者数据库是一样的,后者仅多了一些分析功能,利于分析数据。国内上海有机所比较有钱,二者全部购买,前者学生可以使用,后者是教授专用的。
介绍网站:
1、SciFinder
Scholar(SFS)检索技巧:http://www.16fw.com.tw080/top/html/training/SciFinder_Scholar.htm]http://www.16fw.com.tw080/top/html/training/SciFinder_Scholar.htm[/url]
http://www.16fw.com.cn/cas/scicover2.html
7、南开的培训课件:
http://www.16fw.com
或者http://www.16fw.com/(使用方式为:关键词
filetye:pdf)
3)、化学搜索器(http://www.16fw.com/)
Chemfinder化学搜索器是免费注册使用的数据库,是目前网上化合物性质数据最全面的资源。可通过分子式、化学物质名称、分子量或化合物的结构片段来检索,检索结果包括化合物的同义词、结构图形及物理性质,如熔点、沸点、蒸发速率、闪点、折射率、CAS登记号、比重、蒸汽密度、水溶性质及特征等。该数据库目前含有75
000种化合物的数据,其中包括几千种最常见化合物的详细资料。使用起来方便、简单。
4)、化工引擎网:http://www.16fw.com
a.
查询数十万家的化学化工产品供应商的网站,排除各种干扰信息,而且覆盖的内容每天都在继续扩大。
b.
可以查询上万种的化学物质以及材料的理化性质、毒性、用途(中文),以及数千种化学品的中文MSDS。
c.
技术问题讨论,你能感受到很多从事化学化工行业多年的人员跟你进行交流和热心提供帮助。
d.
非常丰富的最新化学化工资讯。
5).
化学化工资源,有较多化学化工方面的软件和数据供您免费下载。
6).
人才招聘栏目,你可以免费发布人才招聘信息和个人求职简历。
7)、突发性污染事故中危险品档案库:http://www.16fw.com/srsapp/(科学科技信息专用搜索引擎,非常强大,使用关键词搜索)
10)、收录了多个化学会杂志的网站:http://www.16fw.com/scopus/home.url
收录了多个化学会的杂志,检索时就不必挨个化学会查了,有些杂志的文章也可以直接下载,可以用limit
to
或
exclude来
Refine
Results
,也可直接Search
within
results,还可以对某一杂志,或作者,或年份,或文章类型进行选择。并可以同时察看摘要和参考文献,你感兴趣的参考文献通过点击相应的按钮也可以看。这个是elsevier公司和web
of
science竞争的一个产品。使用方法基本类似web
of
science。
11、http://print.google.com/
几乎所有著名英文专业书都有,支持全文搜索,想查什么直接搜,搜到后,前后几页内容都是可以看的
12、CHIN还为我们整理了大量专业网址http://chemport.ipe.ac.cn/index.shtml)文献下载的几大网站(同样可以提供有机合成的关键词检索)
四、一些大型数据库网站
1、中国期刊网网址:http://www.16fw.com/oclcpsp/index.asp(中国镜像)
后改名为“中文期刊数据库“。目前已收录1989-1999出版的期刊7000种,
2000年后出版的期刊12000多种。学科范围覆盖理、工、农、医、社科等。
3、万方数据库网址:http://www.16fw.com.cn/
万方数据库含有四个子系统:
1)、科技信息子系统,包含学位论文、会议论文等;
2)、数字化期刊子系统是最常用的,全文有HTML格式和PDF格式,大多从97、98年开始。特点是以期刊为单位,集中了国内许多期刊的主页,包括投稿指南和各个杂志的简介;
3)、商务信息子系统;4)、医药信息子系统
4、美国化学学会全文数据库网址:http://pubs.acs.org/
ACS一直致力于为全球化学研究机构、企业及个人提供高品质的文献资讯及服务,在科学、教育、政策等领域提供了多方位的专业支持,成为享誉全球的科技出版机构。ACS的期刊被ISI的Journal
Citation
Report
(JCR)评为:化学领域中,被引用次数最多之化学期刊。可检索自1879年迄今电子期刊,几乎是从每一期刊的创刊号起至今的内容。
5、Science
Direct电子期刊数据库登陆网址:http://www.16fw.com
Elsevier出版社是世界著名学术出版公司,也是全球最大的出版商,Science
Direct
数据库是该出版社电子期刊数据库,提供Elsevier的1800多种期刊的在线检索和全文下载服务,涵盖了科学、技术以及医学领域的21个学科,其中SCI收录1393种,EI收录515种。包含农业和生物科学;生物化学、遗传学和分子生物学;环境科学;免疫学和微生物学4个专题。共420种电子期刊。回溯期为2001年至今。
6、英国皇家化学学会http://www.16fw.com/journalfinder.html
Wiley公司主要出版科学、技术、医学类图书和期刊;专业和生活类图书;大学、研究生等使用的教材和其它教育资料。Wiley公司目前约有22700种书目和400多种期刊,每年出版约2000种各类印刷和电子形式的新书。
8、OCLC(
Online
Computer
Library
Center),http://newfirstsearch.oclc.org/是世界上最大的提供文献信息服务的机构之一,FirstSearch是它推出的一个联机信息检索服务系统,是一个综合性较强的数据库,大部分文章都有全文。
9、Springer
网址:
http://link.springer.de/
(德国)
http://springer.lib.tsinghua.edu.cn/app/home/main.asp(清华)
目前Springer
LINK所提供的全文电子期刊共包含439种学术期刊(其中近400种为英文期刊),按学科分为以下11个“在线图书馆”:生命科学、医学、数学、化学、计算机科学、经济、法律、工程学、环境科学、地球科学、物理学与天文学,是科研人员的重要信息源。
目前大部分期刊可以阅读全文,但也有一些期刊尚不能阅读全文,一般规律是:显示pdf字样的,可以打开全文,显示remote
pdf字样的,则不能打开全文。
10、美国(umi)ProQuest博士论文全文,是UMI公司的一个分库
网址:http://global.umi.com/pqdweb
成立于1938年,是全球最大的信息存储和发行商之一,也是美国学术界著名的出版商,它向全球160多个国家提供信息服务,内容涉及商业管理、社会科学、人文科学、新闻、科学与技术、医药、金融与税务等。其出版物包括18,000多种外文缩微期刊、7000多种缩微报纸、150多万篇博士/硕士论文、20多万种绝版书及研究专集:从1980年起该公司开始电子出版物的制作与发行:如光盘数据库、磁带数据库、联机数据库等。
11、UMI提供以下三种数据库:
学术研究图书馆(Academic
Research
Library,简称ARL)
综合参考及人文社会科学期刊论文数据库,涉及社会科学、人文科学、商业与经济、教育、历史、传播学、法律、军事、文化、科学、医学、艺术、心理学、宗教与神学、社会学等学科,收录2,300多种期刊和报纸,其中全文刊占三分之二,有图像。可检索1971年来的文摘和1986年来的全文。
12、ProQuest博士论文全文检索系统,PQDD的全称是ProQuest
Digital
Dissertations,是世界著名的学位论文数据库,收录有欧美1,000余所大学文、理、工、农、医等领域的博士、硕士学位论文,是学术研究中十分重要的信息资源