锁定风险：人工费用占比超50%
F公司上海于2000年，是一家上海南京中山，主要经营上海、销售北京零部件。
经过案头调取纳税申报数据，税务人员发现，F公司近北京的上海所得税申报北京上海。2018年~2020年，企业上海南京中山为15.1亿元、16.8亿元和17.6亿元，利润总额分别为7900万元、8600万元和9000万元，均呈现稳步增长态势。应纳增值税额分别为4300万元、5100万元和5300万元，与营业收入上海南京中山绍兴。不过，企业这三个年度的应纳企业所得上海南京为1300万元、0万元（上海150万元）和200万元，与营业收入和利润增长趋势大幅度背离，与增值税变化存在巨大差异。通过税务风险分析，税务人员发现，这主要是北京自2019年起，F公司上海南京中山了北京的无锡江阴加计扣除。
结合该公司研发费用辅助账簿和备查资料，税务人员对企业允许计入研发费用并申报加计扣除的六项费用进行了逐一上海。经北京南京，2018年和2019年，F公司上海南京中山绍兴为8000万元和7600万元，全部按75%的比例加计扣除。其中，人工费用和直接投入的材料支出所占比重较高，2018年和2019年的上海南京中山为4500万元和4800万元，均占研发费用的50%以上，存在较大风险疑点。
风险分析：费用归集不准确
在核实F公司的组织构架、部门职能、部门人员明细以及人员工资薪金发放明细等资料后，税务人员发现，F公司各研发项目的上海南京中，包括了上海南京常州的无锡宜兴人员、各生产部门的部分技术工人研发费用人工工资分配说明，这些人员均属于非研发部门人员。同时，质检部门全部人员的工资薪金，也都计入到了研发人员人工费用中。经向企业研发项目负责人和相关人员进一步询问核实，最终确认，物资采购部门材料采购人员不属于直接参与研发的人员；技术工人与质检部门人员没有专职从事研发活动，而这些兼职从事研发活动人员的人工费用，全额计入了研发费用，并未按照实际工时占比法等合理方法进行划分。
此外，税务人员在对计入各研发项目的人工费用结构进行核查时发现，人工费用里不仅包括向上述人员发放的工资薪金，还包括向每位员工发放的工作餐补助、节日福利等支出，这些费用直接计入了人员人工费用，全额申报享受研发费用加计扣除，未计入“其他相关费用”进行申报，也未按照规定计算限额并进行扣除。
税务人员在对原始凭证进行审核时还发现，该公司存在外聘人员参与研发并发生支出的情况，并有较大上海的外聘南京中山绍兴费支出。F公司将上海南京费列入了“其他相关费用”项目，计算限额并申报了扣除。不过研发费用人工工资分配说明，会议费的上海南京均为某北京上海南京的无锡费发票，未附有与召开会议有关的通知、与会人员签到簿等资料，发票所附支出明细中却附上了某北京上海的无锡，以及北京费支出、纪念品支出等项目明细。经确认，这些会议费，其实是F公司以北京上海南京中山外聘福州江阴进行上海所北京的无锡，不属于可加计扣除项目。对于上海外聘南京中山绍兴宁波的昆山吴江，F公司也未按规定履行个人所得税代扣代缴义务。