1) 克隆将减少遗传变异。克隆产生的个体具有相同的遗传基因和相同的疾病敏感性。一种疾病可以摧毁克隆产生的整个种群。可以想象，如果一个国家的牛群都是同一个克隆产品，一个不严重的病毒，可能会毁掉整个国家的畜牧业。
2）克隆技术的使用会使人们倾向于繁衍现有种群中最有价值的个体，而不是按照自然法则促进整个种群中的适者生存。从这个意义上说，克隆技术干扰了自然进化过程。
3）克隆技术是一项昂贵的技术，需要大量资金和生物学专业人士的参与，失败率非常高。多莉是 277 次实验的唯一结果。虽然现在已经开发出更先进的技术，但成功率也很低。只能达到2-3%。
4）转基因动物增加疾病传播风险。例如克隆技术最新情况，产毒奶的奶牛如果感染了病毒克隆技术最新情况，病毒可能会通过牛奶传染给病人
5）克隆技术应用于人体，会导致后代遗传性状的人为控制。克隆技术引起争议的核心是它是否可以允许在发育的早期阶段对人类胚胎进行基因操作。这是许多伦理学家无法接受的。
6）克隆技术还可以用来创造“超人”，即体格强但智力低的人。而且，如果克隆技术能有效地用于人类，男性将失去其遗传意义。
7）克隆技术对家庭关系的影响也将是巨大的。克隆父亲DNA所生的孩子，可以说是父亲的孪生兄弟，只是一拖就是几十年。很难想象，当一个人发现自己是另一个人的完美翻版时，他（或她）会有怎样的感受？